Afin d’atteindre les objectifs fixés par le docob, il est possible de recourir à différents outils de gestion. Ces outils s’adressent à toute personne physique ou morale, publique ou privée, titulaire de droits réels et personnels sur des terrains inclus dans le site Natura 2000 (propriétaire, usufruitier, collectivité, association, entreprise, agriculteur, etc.).
Le choix de recourir à ces outils repose sur le volontariat des personnes concernées et ne peuvent donc pas être imposées.
Les contrats Natura 2000
Ces outils permettent de financer, conformément aux objectifs du docob, des actions en faveur de la gestion des milieux naturels ou des espèces d'intérêt communautaire sur des parcelles non agricoles. Le contrat est établi entre L’Etat et le souscripteur sur des parcelles incluses dans le site Natura 2000 pour une durée de 5 ans.
Il existe 2 types de contrats : le contrat forestier et le contrat dit « ni-agricole ni-forestier ».
En plus du financement prévu via des crédits Etat/Europe, un contrat Natura 2000 donne droit à une exonération partielle des droits de mutation à titre gratuit pour certaines successions et donations ainsi que, sous conditions, à l'exonération des partes communales et intercommunales de la taxe foncière sur le non bâti (TFNB).
Les mesures agro-environnementales territorialisées et climatiques (MAEC)
Il s’agit d’un outil exclusivement destiné aux exploitants agricoles souhaitant adapter leurs pratiques aux enjeux du site Natura 2000 en finançant les surcoûts engendrés. Elles ne concernent que les surfaces agricoles déclarées à la PAC.
De la même manière que pour les contrats Natura 2000, la MAEC, en plus du financement prévu grâce à des financements Etat/Europe, donne droit aux même avantages fiscaux.
Le contrat est établi entre L’Etat et le souscripteur sur des parcelles incluses dans le site Natura 2000 pour une durée de 5 ans.
La charte Natura 2000
La charte est un outil d’adhésion permettant à l’adhérent de marquer son engagement pour une gestion durable des milieux naturels sans être contraint trop fortement. Elle est applicable sur l’ensemble du site et a pour objectif de reconnaître les bonnes pratiques en vigueur localement ou souhaitées, favorables aux habitats et espèces ayant justifié la désignation du site. La charte est signée sur des parcelles incluses dans le site Natura 2000 pour une durée de 5 ans.
Contrairement aux contrats et MAEC, la charte ne prévoit pas de contrepartie financière étant donné qu’elle n’engendre pas de surcoût pour l'adhérent. Cependant, son adhésion donne le droit aux même avantages fiscaux et permet, sous certaines conditions, aux parcelles forestières d'accéder à la garantie de gestion durable des forêts
Les autres actions possibles
En dehors de ces différents outils, le docob peut être mis en œuvre via d’autres moyens tels que des conventionnements, des actions de communication, etc. Ces autres actions peuvent être financées dans le cadre de la mise en oeuvre du docob, par des programmes autre que Natura 2000, des collectivités, des mécènes, etc.